Учитывает ли Яндекс ссылки с сайтов на бесплатном хостинге?

Учитывает в том случае, если сайт на бесплатном хостинге зарегистрирован в каталоге Яндекса. В противном случае - нет. Чтобы выяснить, поднимет ли ИЦ сайт на бесплатном хостинге, нужно проверить, находится ли он в каталоге Яндекса.

Индексирует ли Яндекс страницы на php?

Да, индексирует. Все, где стоит cgi, php, pl, ? - все хорошо индексируется. Индексируются форумы (в отличии от Рэмблера), доски объявлений, гостевые книги и т.п

Индексирует ли Яндекс тэги ALT и комментарии?

Да, индексирует. Вписывайте ключевые фразы в ALT и упоминайте их в комментариях. Также, в текстовых ссылках с помощью “title” делайте всплывающие подсказки с подготовленным текстом.